A partire dal 2011 fino al 2018, si è continuato a pescare di più in zona C, ma il differenziale tra zona C e esterno è risultato minore (salvo nel 2016 e parzialmente nel 2015). Il monitoraggio effettuato nel triennio 2017-2020 ha evidenziato chiare differenze in termini di ricchezza specifica e struttura dei popolamenti ittici tra le diverse tipologie di habitat campionate (roccia, sabbia e Posidonia oceanica). Su substrato roccioso è stato censito il numero maggiore di taxa della fauna ittica, mentre su substrato sabbioso ne è stato censito il numero minore. La ricchezza in taxa non è strettamente correlata ai livelli di protezione (i valori più bassi sono stati riscontrati in zona B). La struttura dei popolamenti ittici, sia in termini di densità totali, ma ancor più di biomasse totali, ha mostrato tendenzialmente differenze significative tra zone caratterizzate da diverso livello di protezione. La densità totale non ha mostrato differenza tra zone, mentre la biomassa totale è risultata più elevata in zona A, a seguire in zona C e infine all’EXT dell’AMP e in zona B. Relativamente alle 2 specie target (sarago maggiore e fasciato), i dati di abbondanza, biomassa media e ancor più quelli relativi alla distribuzione di taglia hanno mostrato chiari sintomi di ‘effetto riserva’ (con valori medi più elevati in zona A). Allo stato attuale vi sono evidenze per affermare che lo sforzo di pesca totale applicato in questi anni sia stato probabilmente troppo intenso e che vi sia un serio rischio che le risorse si stiano depauperando. 

I dati recenti, infatti, tendono a mostrare che la composizione delle catture, le catture totali e la CPUE non sono più così differenti tra la zona C dell’AMP e l’esterno come lo erano anni fa. C’è da considerare che durante l’ultimo anno, nell’ambito del progetto FishMPABlue 2, i pescatori autorizzati hanno già ridotto il loro sforzo di pesca di circa il 40%. È quindi possibile che prossimamente se ne vedano i risultati, mentre la diminuzione delle CPUE in AMP che si è constata nel 2018 è da attribuirsi allo sforzo eccessivo del recente passato. Non si può escludere un possibile impatto di attività non autorizzate o illegali, ma in assenza di dati e/o altre evidenze non è possibile trarre alcuna conclusione su quest’ultimo aspetto. Gli studi suggeriscono di prendere in considerazione la possibilità di concordare coi pescatori una continuazione della riduzione dello sforzo di pesca. 

A tal fine nel mese di luglio 2019 è stata attivata un’azione pilota per l’espletamento di attività di pescaturismo senza catture, da realizzarsi in alternativa all’attività di pesca, al fine di inserire tale attività nel redigendo nuovo regolamento AMP.In previsione dell’affidamento in gestione della ZSC, nel 2018 sono stati condotti studi propedeutici per l'individuazione dello sforzo di pesca nella ZSC Torre Guaceto e Macchia San Giovanni che hanno evidenziato:

Nel 2020, in previsione delle procedure per l’ampliamento dell’AMP, sono state finanziate due attività di monitoraggio specifiche nella ZSC Torre Guaceto e Macchia San Giovanni IT9140005, limitatamente alla fascia costiera di competenza dei Comuni di Brindisi e Carovigno: 1. valutazione dello sforzo di pesca; 2. valutazione dell’incidenza della pesca sui mammiferi marini.Nel 2019 sono state recuperate n°12 tartarughe marine, tutte della specie Caretta caretta. In totale sono stati riabilitati e reintrodotti in natura n°9 esemplari, n°2 sono deceduti e n°1 è attualmente in cura.

Il coralligeno compare su tutta la ZSC a partire da circa 10 m sino al limite superiore della ZSC, oltre i 60 m. Al limite inferiore di circa 10m il Coralligeno e fino alla batimetria di 25 m si presenta a macchie, alternate con Posidonia oceanica, a formare un mosaico. 

Nell’Area Est della ZSC, da circa -20 m sino ad oltre i 30 m di profondità, il fondale e caratterizzato, oltre che da coralligeno e Posidonia oceanica, anche da ampie aree a Caulerpa cylindracea, un’alga verde di origine lessepsiana. La caratterizzazione degli habitat bentonici e la successiva elaborazione delle carte tematiche hanno permesso di evidenziare che l’area indagata, dal punto di vista biocenotico, presenta importanti emergenze naturalistiche, con il 63 % di habitat ritenuti Determinanti (D) (3869 ha), ovvero habitat indispensabile per la conservazione. Sono in corso indagini specifiche per la valutazione dello stato di conservazione del coralligeno nella ZSC.