Il concetto di “stato di conservazione” viene definito nell’articolo 1 della Direttiva “Habitat” 92/43/CEE come “l’effetto della somma dei fattori che influiscono sull’habitat naturale in causa, nonché sulle specie tipiche che in esso si trovano, che possono alterare a lunga scadenza la sua ripartizione naturale, la sua struttura e le sue funzioni, nonché la sopravvivenza delle sue specie tipiche”.
La valutazione dello stato di conservazione fa riferimento a requisiti spaziali, strutturali e funzionali, con implicito riferimento alle biocenosi presenti. Infatti, secondo la direttiva, lo stato di conservazione di un habitat naturale è considerato “soddisfacente” quando “le superfici che comprende sono stabili o in estensione, la struttura e le funzioni specifiche necessarie al suo mantenimento a lungo termine possono continuare ad esistere in un futuro prevedibile e lo stato di conservazione delle specie tipiche è soddisfacente”.
Lo stato di conservazione di ogni habitat prioritario, d’interesse comunitario e d’interesse regionale censito all’interno della Riserva di Torre Guaceto è analizzato attraverso l’applicazione degli indicatori precedentemente descritti.
Alcuni habitat presenti in passato sono scomparsi all’interno della riserva nel corso degli ultimi decenni. Si tratta dell’habitat delle pseudosteppe, considerato prioritario dalla Direttiva “Habitat” con il nome di “Pseudo-steppe with grasses and annuals of the Thero-Brachypodietea”; il codice Natura 2000 è 6220 (EUROPEAN COMMISSION DG ENVIRONMENT, 2003); esso è costituito da un particolare tipo di vegetazione erbacea perenne inquadrabile nella classe fitosociologica della Lygeo-Stipetea. Esso non ha attualmente estensioni significative e cartografabili all’interno della riserva.
Un altro habitat scomparso è quello delle dune fisse con Crucianella maritima; è considerato habitat d’interesse comunitario dalla Direttiva “Habitat” con il nome “Crucianellion maritimae fixed beach dunes”; il codice Natura 2000 è 2210 (EUROPEAN COMMISSION DG ENVIRONMENT, 2003). L’associazione del Crucianelletum maritimae è stata segnalata prima da MACCHIA e VITA (1973) e poi da MARIOTTI (1992) e MARIOTTI et al. (1992). Attualmente non è più rinvenibile all’interno della riserva.